缓冲液 在电泳过程中的一个作用是维持合适的pH。电泳时阳极与阴极都会发生电解反应，阳极发生的是氧化反应 （4OH--4e->2H2O+O2)，阴极发生的是还原反应 （4H++4e->2H2)，长时间的电泳将使阳极变酸，阴极变碱。一个好的缓冲系统 应有较强的缓冲能力 ，使溶液两极的pH保持基本不变。

电泳缓冲液的另一个作用是使溶液具有一定的导电性 ，以利于DNA分子 的迁移，例如，一般电泳缓冲液中应含有0.01-0.04mol/L 的Na+离子，Na+离子的浓度太低时电泳速度变慢 ；太高时就会造成过大的电流使胶发热 甚至熔化。

电泳缓冲液还有一个组分是EDTA ，加入浓度为1-2mmol /L，目的是螯合Mg2+ 等离子，防止电泳时激活 DNA酶 ，此外还可防止Mg2+离子与核酸生成沉淀。

TAE 是使用最广泛的缓冲系统 。其特点是超螺旋 在其中电泳时更符合实际相对分子质量 （TBE中电泳时测出的相对分子质量会大于实际分子质量），且双链 线状DNA 在其中的迁移率 较其他两种缓冲液快约10%，电泳大于13kb的片段时用TAE缓冲液 将取得更好的分离效果，此外，回收DNA片段时也易用TAE缓冲系统进行电泳。TAE的缺点是缓冲容量 小，长时间电泳（如过夜）不可选用，除非有循环装置使两极的缓冲液得到交换。

TBE的特点是缓冲能力 强，长时间电泳时可选用TBE，并且当用于电泳小于1kb的片段时分离效果更好。TBE用于琼脂糖凝胶 时易造成高电渗 作用，并且因与琼脂糖 相互作用生成非共价 结合的四羟基硼酸盐 复合物而使DNA片段的回收率 降低，所以不宜在回收电泳中使用。

TPE的缓冲能力也较强，但由于磷酸盐 易在乙醇 沉淀过程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的电泳中使用。